亚硫酸氢钠或焦亚硫酸钠
还原剂，常用于反渗透膜前去除溶解氧、含氯杀菌剂、臭氧等氧化剂残留，同时也可在反渗透膜正常运行期间用作冲击消毒（连续地向原水中加入杀菌剂），膜前加入少量的亚硫酸氢钠经脱盐后可从浓水排除，但浓度较高时也需将出水排除。
每隔24小时加入500~1,000ppm 的亚硫酸氢钠30 分钟，也可防止生物膜的形成。
系统中短期停运期间，将反渗透膜元件浸泡在1%(wt)亚硫酸氢钠的保护液中，可抑制微生物特别是需氧菌的生长，长期停运时应定期更换。
DBNPA（2,2-双溴代-3-次氮基-丙酰***）
常用于反渗透膜的周期性消毒。
微生物污染程度低的水源，每5天加入10~30ppm 的DBNPA处理30 分钟到3 小时，如果水中含100CFU/ml的菌落总数或已经确认存在生物膜污染时，投加方式为连续3 小时30ppm。
水中含有还原剂时，需投加更高浓度的DBNPA。
异噻唑啉***（isothiazolones）
为非氧化性杀菌剂，常用于反渗透膜的周期性消毒。
常用消毒剂量20-100mg/L。
系统停运期间，将反渗透膜元件浸泡在0.15%异噻唑啉***溶液中，可长期抑菌。
DBNPA或异噻唑啉***及其分解产物和配方中的其它成份并不能被膜完全脱除，因此不能作为预防性消毒。在投加DBNPA或异噻唑啉***消毒剂期间，应将产水排掉。
含氯消毒剂
可作为多介质过滤器、水箱的周期性消毒；直接使用地面水时，也作为预防性消毒。
虽然有耐氯的反渗透膜元件，可承受短时间低浓度游离氯（次氯酸）的攻击，但是膜对它的抵抗能力是有限的。在低浓度条件下其杀菌效能也很有限，因此不建议采用。
氧化剂可使离子交换树脂氧化，也不能用于树脂的消毒。
过氧化氢/过氧乙酸
可用于多介质过滤器、水箱的周期性消毒，特定条件下也可用于膜元件的周期性消毒，不建议用于树脂消毒。
单使用：3%过氧化氢或 0.7%过氧乙酸溶液，循环或浸泡30min以上。与过氧乙酸合用：0.25-0.50%，循环或浸泡2~12 小时(杀菌率90%-99%)。
用于膜元件消毒时，允许高浓度为0.2%，高温度为25℃。
甲醛
由于具有致癌倾向，已被逐渐限制使用。
***在不得已的情况下用于离子交换树脂的消毒，也曾用于反渗透膜的长期停用保护。
一般使用0.5%~3%的浓度消毒，也有使用0.1%~1% 的低浓度。
消毒后的清洗方法和残留浓度应并经过验证，限度和检测方法可参照生活饮用水卫生标准（不得过0.9mg/L）。
清洗剂和清洁剂
用于离子交换树脂再生、反渗透膜除垢、贮存分配系统清洗的酸碱溶液，某些表面活性剂类清洁剂也具有杀菌或抑菌作用。
用再生剂处理可能是离子交换树脂适合的消毒措施，如按消毒间隔进行再生(不等到树脂老化再来活化再生)，可以认为是有效的消毒手段之一。