选用的清洗、消毒或灭菌方法不恰当或实际无法执行。如采用纯蒸汽在线灭菌的呼吸器出气口未安装阀门，采用巴氏消毒的系统中选用了普通的非热水膜元件，或非耐高温型或转型树脂。
清洗、消毒（灭菌）周期不合理，又没有足够的验证数据支持。
未对主要制水装置如原水储罐、活性炭过滤器、反渗透机组、离子交换柱、过滤器等制订清洗、灭菌（消毒）方法。
疏忽对用水点阀门后的管道、制水设备出水口至贮罐的管道、过滤器、呼吸器等部位或部件的清洗、消毒（灭菌）。
清洗（消毒）周期***针对连续生产时的情形，未对停机一段时间后的清洗（消毒）程序作出明确规定。
清洗、消毒周期与实际执行不一致，或无清洗消毒记录。
纯蒸汽灭菌时，疏水器的安装位置不合理，存在多个冷点又未对其进行分析。
未制定纯蒸汽灭菌后的保护措施，或实际未执行。
未规定纯蒸汽灭菌后至开始生产的长时间间隔，或未进行验证，或实际未执行。
巴氏消毒时只有换热器出水口的温度指示。
活性炭柱巴氏消毒后未规定需进行反冲洗，或实际未执行。
臭氧水预防性消毒时用水点无臭氧毁灭装置，或残留臭氧浓度未进行验证。
用清洁剂、消毒剂清洗消毒时，未对清洁剂、消毒剂的残留量进行验证。
选用不恰当（包括品种和纯度）的清洗剂、消毒剂，或清洗剂、消毒剂贮存不当、过期使用。